一.蛋白大分子的格式转化
在进行Autodock Vina分析前，我们需要对蛋白分子的格式进行转化，需要将.pdb格式转化为.pdbqt。这里通过Autodock tools软件进行转化。
1. 载入蛋白文件
载入蛋白文件
2. 加氢处理
image.png
点击ok
3. 计算电荷
计算电荷
点击确定
4. 保存处理后的蛋白pdb文件
5. 将处理后的.pdb文件转为.pdbqt文件
依次点击Grid-Macromolecule-Choose 选择刚才保存的文件；
保存至文件夹即可
二、Autodock Vina分子对接
Vina软件下载
这里不再对软件下载赘述，自行搜索下载即可。
1. 在对接前需要对配体进行预处理：pubchem下载sdf格式，之后去Open Babel转化为mol2或pdb格式。
Open Babel
通过Autodock Tools转化为
.pdbqt文件。打开小分子pdb文件
对小分子加氢
加氢
将小分子选择为配体
输出PDBQT格式的配体文件。检测扭转键和中心。
image.png
导出为.pdbqt文件
保存为.pbdqt文件
注意：这里需要强调计算电荷的步骤。一般前面通过Ligand设置的时候，软件已经自动计算好了电荷。就是下图中的弹出框，比如融合了5个非极性氢。
但是，有时候，我们不手动添加电荷，按照上面的操作，有的小分子也会报错。官方的描述：If each ligand atom already has a ‘partial charge’ those charges are used. If not or if each of the charges is zero, ADT computes Gasteiger charges for the entire ligand. For this calculation to work correctly, the molecule must already have hydrogen atoms added, including both polar and non-polar ones, prior to this step。大致意思是如果每个配体原子已经带有“部分电荷”，这些电荷就会被使用。如果不是，或者每个电荷都为零，ADT计算整个配体的Gasteiger电荷。为了使计算正确进行，在此步骤之前，分子必须已经添加了氢原子，包括极性的和非极性的。
因此我们只需记住，如果出错，那就是每个电荷都为零的情况，我们在选择作为配体之前需要计算Gasteiger电荷，具体怎么计算看下图，按照下图操作后在设置为配体。
那么如果没有出错，说明配体中的每个原子已经带有“部分电荷”的情况，在设置为配体之前，我们需要计算Gasteiger电荷吗？不需要，如果再计算Gasteiger电荷，本身原本就有部分电荷，最后对接的结合能是不一样的。
只需要记住，如果设置为配体出错，再去计算Gasteiger电荷。
2. 确定结合口袋的坐标
预测蛋白结合口袋的方法有很多。这里介绍DeepSite：https://open.playmolecule.org/tools/deepsite。导入Autodock Tools查看盒子是否能将配体包含起来。
Deepsite
预测运行
生成结果
3.准备Autodock Vina分子对接所需要的Conf文件。该文件可以通过Autodock Tools生成，也可直接复制该段文本生成文件，改变受体、配体名称及盒子坐标大小即可。
Conf文件
receptor = ......pdbqt
ligand = .......pdbqt
center_x= -20.09
center_y= -9.35
center_z= -6.27
size_x = 74
size_y = 74
size_z = 92
exhaustiveness = 24
num_modes = 9
3. 分子对接
保证以下三个文件与受体、配体文件在同一文件夹下，输入以下命令进行分析。
Vina --config conf.txt
Autodock Vina
结果计算完毕后，会生成不同的
底物.pdb构象文件。结果
4. 通过Autodock Tools将蛋白与小分子输出为复合物
选择Analyze-Dockings-Open AutoDock vina result，选择vina生成的out文件。排名第一的即为结合能最低的构象，即结合最紧密的结果。按住键盘方向键右键即可切换别的构象。一般只保留排名第一的配体构象，因此选择到配体排名第一的构象，进行保存。
打开Vina结果
保存构象排名第一的配体保存
打开Pymol软件后，载入刚才输出的排名第一的配体构象文件.pdb，载入蛋白质文件.pdb（原始，Swissmodel预测结果），并输出为复合物；
输出复合物
选择输出
后续可以通过Pymol软件可视化复合物，并美化。